建设一个种子冷库和普通冷库是有一定区别的，种子冷库需要控制温度和湿度两个数据，湿度对种子的发芽率影响非常大，所以湿度要严格控制好。而且种子按贮藏年份分为短期、中期、长期贮藏，按功能分为资源类（包括样品、原种）、普通类。每种种子按贮藏年份的贮藏对温度、湿度要求不一样。总的来说大田类的种子保存要保证种子含水率在13%以下，蔬菜类种子7%以下，有些特殊的要求不一样。

种子冷库建造时采用100mm双面彩钢聚氨酯冷库保温板，保温防潮，卫生洁净耐腐蚀。

冷库设备选用比泽尔压缩机组。该制冷压缩机具有制冷量大、能耗小、安静等特点。

种子冷库内配备有独立去湿装置，与常规速冻库，冻肉的、水产品冷藏的不太一样，全自动控制。