洁净车间主要的工作之一是防止交叉污染的发生，那么什么是交叉污染呢？交叉污染一般是指通过人员往返、工具运输、物料传递、空气流动、设备清洗与消毒、岗位清场等途径，将不同品种药品的成分混入导致污染。那么，洁净车间在使用的过程当中要如何防止交叉污染呢?
1净化公司合理布置空间面积
洁净车间并非越大越好，面积和空间的大小关系着送风量(定义:单位时间内空气的流通量)的多少，决定着空调能耗的大小，影响工程的投资(意义:是未来收益的累积)。净化等级一般以工业铝材(不锈钢方通、喷塑方通)做框架，采用风机滤网机组FFU送风，四周采用防静电垂帘，顶部铺盖密缝盲板，形成一个密缝区，内部净化级别可达100-10万级;特别适用于车间内局部对洁净度要求高的区域，如流水线作业区的高精确度产品组装区。但洁净车间的空间面积也不可太小，太小可能不便于操作、维修。所以，设计合理的空间面积应考虑到设备操作、维修的需要。洁净车间内部应设有物料的中间站，其面积足以存放物料、中间产品、待验品和成品，且便于明确分区，以最大限度地减少差错和交叉污染。
2提高设备水平
设备的材质、加工精度（精确度）、密闭程度以及管理制度都与交叉污染有关。所以除了合理布局外，提高设备的自动化水平和组成联动的生产线，以减少操作人员，降低人员的活动频率，是洁净车间防止交叉污染的必要措施（指针对问题的解决办法)。
3.洁净车间分设空调净化系统
洁净车间的空调净化系统应根据不同的洁净度等级分设。净化工程室内污染控制，没有洁净室，污染敏感零件不可能批量生产。在FED-STD-2里面，洁净室被定义为具备空气过滤、分配、优化、构造材料和装置的房间，其中特定的规则的操作程序以控制空气悬浮微粒浓度，从而达到适当的微粒洁净度级别。净化等级一般以工业铝材(不锈钢方通、喷塑方通)做框架，采用风机滤网机组FFU送风，四周采用防静电垂帘，顶部铺盖密缝盲板，形成一个密缝区，内部净化级别可达100-10万级;特别适用于车间内局部对洁净度要求高的区域，如流水线作业区的高精确度产品组装区。对有毒气体、高产尘、激素类、强毒微生物及抗肿瘤药品、放射性药品等的工作室，应设置空调净化系统，其排风口应安装高效过滤设备，以将这些药物的污染降至最低限度。对不同洁净度等级的洁净室，产生粉尘(形态:固体微粒)和有害气体的洁净室，被排介质(起决定作用的物质)毒性大的、有易燃易爆气体的岗位，应单独设局部排风系统。洁净室的排风口应有防倒灌装置。送风、回风和排风的启闭应有连锁装置。
4洁净车间严格控制人流物流
洁净车间应设专用的人流、物流通道。人员应按规定的净化程序进入，并应严格控制人数。对于物料可在除去浮尘后拆去外包通过缓冲间或传递柜送入。不同洁净等级的洁净区物品则通过传递窗传送。中间站宜设在中心位置，以便缩短运送距离。洁净区内不设与本岗位无关的管道。充分利用上下或周围的技术夹层，所有公用管道、工艺管道的主干管均在技术夹层安装。