MBR膜污染后，需要进行物理反冲洗和化学试剂反冲洗。物理清洗是用清水进行反洗。反冲洗时间根据MBR膜的运行参数和污染程度确定。其次，进行化学清洗。化学试剂(柠檬酸、次氯酸钠等)用于制备一定比例的反洗水溶液。反冲洗后，可以检测和判断膜生物反应器膜的水通量。膜破损通量恢复。MBR膜使用后期是需要清洗的，清洗的种类有很多的，其中，，化学药物的清洗是用化学药剂对膜进行浸泡和清洗。在线清洗：为了延长MBR膜的清洗周期，每隔3~6天可加入定量NaClO和HC1进行在线化学反冲洗，每次3~5分钟，其它药剂可洗回隔膜内。再放置20分钟，然后放入正常的污水中，在清洁过程中继续曝气。离线清洗：当负压超过0.05MPa时，应及时对MBR隔膜进行离线清洗。该清洗方法包括以下步骤：从膜框架中去除MBR膜，用清水清洗膜表面，去除附着在膜表面的活性污泥，分别浸泡在定量NaClO和定量NaOH溶液中，杀死附着在膜表面的细菌，用清水清洗膜表面。膜槽填充后，膜可反冲洗2~3分钟，膜通量可恢复。