防止或控制水垢的方法有化学方法和物理方法。

国内已使用的物理方法有磁化处理及静电处理。目前物理方法多应用在单台设备或小型水系统中，其技术尚待掌握。对于中大型循环冷却水系统来说，采用化学方法处理较成熟、经济和有效。因最常见的水垢是碳酸钙，所以各种方法的重点是解决碳酸钙沉积问题。

以下是常采用的化学方法。

1、除去部分成垢离子。碳酸钙水垢的成垢离子是钙及碳酸根（由碳酸氢根转化来）离子。在补充水中钙离子及碱度较高时，可在预处理工序中除去部分硬度和碱度，即采用软化补充水。软化水的成垢离子较低，有利于提高循环水的浓缩倍数。常用的软化方法有离子交换法及石灰软化法两种。

2、加酸或二氧化碳，降低循环水的pH值，稳定碳酸氢盐。

3、在循环水加入少量阻垢剂，破坏碳酸钙等成垢盐类的结晶生长，防止水垢沉积。