秸秆还田实施的理由很多，减少焚烧的污染和还田后增加土壤的肥料应该是最重要的，但是近年来这些理由是否属实引起了大家，尤其是农民朋友的怀疑。怀疑的原因都是在切实的实践过程中总结的，大致有以下几点：

1：污染方面。当时说了还田会减少污染，但秸秆在粉碎过程中会产生大量粉尘，漂浮在空气中，随着风力传播，如果在晴朗干燥的天气，这种情况更为严重，会造成另外一种污染。

2：增肥方面。秸秆中确实含有很多有机质，可以增加土壤的养分，但这个的前提是“秸秆腐烂后”，这是个过程，但在秸秆腐烂之前我们还有其他要面对。 

3：病虫害。秸秆中，尤其是玉米杆中，含有大量的幼虫卵和带菌体，粉碎过程中很难清除，被埋入土壤后能很快成长，成为病虫害的一种隐患，这些年病虫害的加重可能也有这方面的因素。

4：减产。秸秆还田后，会被翻到土壤下面，虽然专家们说的秸秆粉碎程度都是3.5厘米以下，但现实操作中根本无法达到这个粉碎标准，被埋入土壤后会有很大的空隙存在，就使得下一茬的种子出现空置、接触不到土壤等情况，必须立即灌溉，使种子和土壤尽快接触，否则，一旦出现干旱天气，就会出现“死种”现象。

5：秸秆还田如果量过大或翻入土壤不均匀的话，易发生土壤微生物（即秸秆转化的微生物）与作物幼苗争夺养分的矛盾，甚至出现黄苗、死苗、减产等现象。